在深圳，胎儿亲子鉴定主要有三种方法，分别是无创胎儿亲子鉴定、羊水穿刺亲子鉴定和绒毛取样亲子鉴定。

无创胎儿亲子鉴定是目前较为常用且安全的方法，孕妇怀孕5周以上即可进行。只需采集孕妇约10毫升的静脉血，从中提取胎儿游离DNA，再与疑似父亲的样本（如血液、口腔拭子等）进行比对分析。这种方法对孕妇和胎儿几乎没有伤害，避免了侵入性操作带来的风险，如流产、感染等，且采样过程相对简单，孕妇无需承受较大痛苦。

羊水穿刺亲子鉴定一般在怀孕16-22周进行。在超声引导下，由专业医生抽取羊水样本，羊水中含有胎儿脱落的细胞，通过检测这些细胞中的DNA来确定亲子关系。不过，这是一种有创检查，存在一定的流产、感染等风险，术后孕妇需要适当休息并密切观察身体状况。

绒毛取样亲子鉴定通常在怀孕10-14周进行。医生通过阴道或腹部穿刺获取胎盘绒毛组织，然后提取其中的DNA进行检测。该方法也能较早获得检测结果，但同样属于侵入性操作，有导致流产、绒毛膜下血肿等风险，对孕妇的身体状况要求较高，有先兆流产症状、子宫畸形等情况的孕妇需谨慎选择。