在深圳，司法亲子鉴定与个人亲子鉴定在多个方面存在显著差异。

从法律效力来看，司法亲子鉴定具有法律效力，其鉴定结果可用于上户口、补办出生证明、入学、出国、公证以及涉及法律诉讼的场合，如抚养权争议、遗产继承纠纷等，是官方认可的亲子关系证明。而个人亲子鉴定结果仅供个人私下了解亲子关系，不具备法律效力，不能作为法庭证据使用。

在办理流程上，司法亲子鉴定要求严格，所有被鉴定人必须亲自到场，提供有效身份证件，现场采血并拍照存档，整个过程公开透明、可追溯。个人亲子鉴定则流程简便，被鉴定人无需到场，可自行采集样本（如头发、指甲、口腔拭子等）并匿名邮寄至鉴定机构，全程保护隐私。

费用方面，司法亲子鉴定因流程严谨、涉及法律程序，费用通常较高，一般在2400元至3600元之间。个人亲子鉴定费用相对较低，大约在2000元至3000元，适合仅需了解亲子关系且不涉及法律用途的人群。

此外，两者在采样方式、报告用途上也存在不同。司法亲子鉴定原则上只采指尖血或足底血，样本采集由专业人员完成；个人亲子鉴定样本类型多样，采集方式灵活。司法亲子鉴定报告用于法律事务，个人亲子鉴定报告仅供个人参考。因此，选择亲子鉴定类型时，应根据实际需求，确保结果满足用途。