在深圳，胎儿亲子鉴定主要有两种方式，不同方式对应不同的最佳鉴定时间。

无创胎儿亲子鉴定

无创胎儿亲子鉴定是目前较为常用且安全的方式，最佳鉴定时间是在怀孕满5周及以上。此时，孕妇外周血中胎儿游离DNA的含量达到相对稳定且可检测的水平，能够准确提取并进行亲子鉴定分析。这种方式只需抽取孕妇10毫升左右的外周血，对孕妇和胎儿都几乎没有创伤，不会影响孕妇的正常生活和胎儿的正常发育。而且鉴定结果准确率高，一般5-7个工作日就能出具报告。

羊水穿刺亲子鉴定

羊水穿刺亲子鉴定一般在怀孕16-24周进行较为合适。这个阶段羊水量相对充足，胎儿在子宫内的活动空间较大，在超声引导下能够较为准确地抽取羊水样本。不过，羊水穿刺属于有创操作，存在一定的风险，如引起宫内感染、胎儿损伤等，虽然这些风险发生的概率较低，但也需要谨慎考虑。

如果孕妇有特殊情况，比如多胎妊娠、胎盘前置等，可能会影响鉴定操作和结果准确性，具体鉴定时间需要医生根据实际情况综合评估后确定。在选择胎儿亲子鉴定机构时，要确保其具备相关资质，鉴定人员经验丰富，以保证鉴定结果的准确性和可靠性。同时，孕妇在整个孕期都要保持良好的心态和生活习惯，无论出于何种原因进行胎儿亲子鉴定，都要以自身和胎儿的健康为首要考量。